为进一步做好理县灾后防病工作，确保大灾之后无大疫，5月30日，理县成立卫生防疫总指挥部，对在理县参与抗震救灾的专业卫生防疫力量进行重新统筹和任务分工。性艾中心副主任汪宁教授担任副组长。
防疫总指挥部设立了领导小组，对理县抗震救灾的军地卫生防疫的力量调整和任务部署实行统一协调和管理。在卫生防疫指挥部下设立专家组，负责制定理县卫生防疫工作技术标准、拟定实施方案并对实施情况进行检查、督促、指导以及评估，对理县防疫工作提供专家意见。整合部署在县城内的专业防疫力量，以成立专业组的形式开展相关卫生防疫工作。实行责任制，均以责任单位的领队为第一责任人，实行分片包干，责任落实到人。指挥部结合专家组将在卫生防疫的不同阶段对理县的卫生防疫工作实行检查、指导、管理和评估，并将评出卫生防疫工作先进单位和个人，以理县抗震救灾指挥部的名义进行相关表彰和奖励。成立由医生和心理辅导员组成的医疗和心理分队，对各个乡镇进行巡回医疗和心理辅导、干预。（中国疾控中心理县抗震救灾队）
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